Hjälp forskare att bekämpa covid-19

Sedan en tid tillbaka har jag letat efter olika sätt att hjälpa till i bekämpningen av det nya corona-viruset (covid-19). I den här posten samlar jag ihop intressanta länkar för den som vill läsa, lära och bidra.

Intresset väcktes på allvar i samband med att jag läste en artikel i Washington Post som innehöll animationer för att visa smittspridning under olika förutsättningar och smittbärares agerande. Artikeln hittar du här https://www.washingtonpost.com/graphics/2020/world/corona-simulator/. Någon vecka efter jag stötte på artikeln rullade jag igenom en lista med podcasts och där fanns det en podcast med en intervju med artikelförfattaren Harry Stevens. Det var ett väldigt intressant avsnitt och man blev otroligt sugen på att bidra på något sätt. Podcasten, The Changelog Podcast, finns här https://changelog.com/podcasts och det specifika avsnittet med intervjun här https://changelog.com/podcast/390.

Ungefär samtidigt som jag hittade podcasten så ramlade ett nummer av NyTeknik ner i brevlådan och där fanns det en artikel om Folding@home. Folding@home är ett nätverk där man kan låna ut datorkraft till forskare som håller på med virusforskning och just nu kartläggning av proteinerna i det nya coronaviruset. Artikeln finns här https://www.nyteknik.se/digitalisering/nu-anvands-over-en-exaflops-for-att-kartlagga-coronaviruset-6992359. Vill man bidra till forskningen via Folding@home så håller nätverket till här https://foldingathome.org/.

Folding@home väckte intresset av att kunna bidra mer till forskningen genom att låna ut sin dator och jag kom då att tänka på min studietid då jag, från och till, lånade ut min dator till SETI@home, https://setiathome.berkeley.edu/. Jag provade såklart att sparka liv i en gammal laptop hemma, jag letade fram en Raspberry Pi 4 som låg oanvänd och började installera OS på respektive maskin. Laptopen var väldigt dålig men jag landade till slut i att köra Ubuntu Server på den och installera Folding@home. Det fungerade ganska bra.

På RPi-4:an installerade jag initialt Raspbian Desktop och försökte göra något bra med det. Tyvärr finns inte Folding@home till arm-processorn så istället installerade jag ett alternativ, Rosetta@home (mha Boinc). Det är ungefär samma sak som Folding@home, man låter forskare lägga ut paket för en klient att ladda hem och göra beräkningar på. Rosetta@home finns här http://boinc.bakerlab.org/rosetta/, Boinc finns här https://boinc.berkeley.edu/.
Rosetta@home funkade bra på Raspberryn så jag kunde inte hålla mig utan köpte ytterligare en RPi 4. Istället för att köra Raspbian Desktop så kör jag numera Raspbian Server, som prepareras enkelt på SD-kort mha Raspberry Pi Imager, https://www.raspberrypi.org/downloads/. Installationsprocessen efter det är väldigt smidig. Man var däremot tvungen att tweaka lite för att få Rosetta@home att fungera. Numera verkar det dock finnas en färdig image att köra på Raspberry Pi. Jag har inte testat den, men det ser seriöst ut här iallafall https://foldforcovid.io/ och https://www.balena.io/etcher/.

Bra länkar

Ego-länkar